建所60多年以來，在國家煙草專賣局、中國煙草總公司的長期關懷下，在省局（公司）的正確領導下，一直秉承“求實創新、拼搏奉獻"的精神，以科技興煙為己任，為貴州煙草發展與科技進步做出了積極的貢獻。

貴州省煙草科學研究所的前身是國民政府農林部煙產改進處于1948年11月22日成立的“貴州煙葉改良場"。解放后，經歷了貴陽—貴定—福泉—貴陽三次搬遷，多次變動隸屬關系。1987年由貴州省農業廳主管劃歸貴州省煙草專賣局主管；1999年國家煙草專賣局以煙科所為基礎掛牌成立中國煙草西南農業試驗站；2006年國家煙草專賣局批復將貴州省煙草科學研究所整體劃歸貴州省煙草專賣局（公司），理順了體制與關系。

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